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Dépendant de l'abbaye de Chaumousey, le prieuré de Marast a été fondé en 1117 à la suite de donations faites par Richard de Montfaucon, comte de Montbéliard, et Thiébaud de Rougemont d'un territoire sur leurs domaines d'Esprels. Cette fondation sera confirmée en 1122 par l'archevêque de Besançon, Anséric, puis en 1123 par le pape Calixte II. Les archevêques et évêques de Besançon prendront le prieuré sous leur protection, en lui faisant d'importantes donations au cours des siècles.

L'église, érigée dans les années 1120-1130, a été placée sous le vocable de la Vierge Marie, mais à la suite d'une évolution résultant d'une dévotion locale particulière à sainte Marie-Madeleine, la dénomination devient dès le XIIIe siècle, église Sainte-Marie-Madeleine de Marast.

La règle de saint Augustin dont dépendaient les chanoines, n'a été suivie qu'assez lâchement puisque la vie commune disparaît dès le XIVe siècle, les religieux disposant de leurs appartements propres. Leur nombre, qui n'a jamais dépassé huit, se stabilise ensuite à quatre tant en raison d'un manque de recrutement que de l'avarice des prieurs peu soucieux de partager les revenus.

Le prieuré a néanmoins conservé un certaine importance en raison du rattachement d'églises paroissiales desservies par des vicaires (Esprels, Mélecey, Cubry, Villafans, Montjustin, …), mais surtout du fait de sépultures qui y ont eu lieu. Les seigneurs de Villersexel, grands bienfaiteurs et gardiens héréditaires du prieuré y firent notamment construire une chapelle, d'autres seigneurs ayant également choisi ce lieu pour y être inhumés (Oricourt, Fallon, Autricourt, …).

Le 5 janvier 1611, le prieuré est rattaché au chapitre de l'église collégiale Notre-Dame de Dole (Jura), par décision d'Albert, fils de Maximilien II, et de Marie d'Autriche, petite fille de Charles Quint, infante d'Espagne, archiducs d'Autriche et ducs de Bourgogne.