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Le muséum présente 350 m² d'exposition permanente : animaux raréfiés ou disparus des Pyrénées-Orientales, oiseaux sédentaires et migrateurs, corvidés, rapaces nocturnes et diurnes, grands mammifères, faune pyrénéenne, invertébrés (arthropodes) et coralliaires, minéraux, crocodiles, objets ethnologiques océaniens et africains, ainsi qu'une momie égyptienne de la XXIIIème dynastie dans son sarcophage offerte en 1847 par Ibrahim Pacha.