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Ce musée abrite les collections rassemblées par l'université depuis sa fondation en 1636 : pièces anatomiques et modèles de cire, collections de médecine dentaire et d'ophtalmologie, animaux empaillés, fossiles et squelettes (cabinet de curiosités) et le mètre et le kilogramme étalons. Un laboratoire (Jeugdlab) a également été spécialement aménagé pour les jeunes. Un jardin botanique (Oude Hortus) de 1724 avec des serres se trouve derrière le musée.