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Le musée d'histoire naturelle d'Auxerre propose un voyage dans les archives de la vie et de la terre, à travers des collections extrêmement riches de fossiles, minéraux, animaux, coquillages... Ce patrimoine a été rassemblé au XVIIIe siècle sous l'impulsion du père François Xavier de Laire, figure emblématique de l'Yonne, à partir de trésors éparpillés et altérés, comme beaucoup d'autres, par la Révolution française. Cette collection ne cesse aujourd'hui de s'enrichir et constitue une véritable référence pour la communauté scientifique internationale, qui peut retrouver dans ce musée les collections de Paul Bert, Gustave Cotteau... La pièce maîtresse est un magnifique herbier médicinal du XVIIIe siècle fabriqué à l'abbaye de Saint-Germain.